组织技能的优先学习顺序直接影响战斗效率。建议优先提升生命源泉和防御增强这两项基础生存技能，因为血量加成对所有忍者通用，推图时能显著提高容错率。初期资源紧张时，将每个技能点到三级性价比最高，既能均衡提升属性，又不会消耗过多贡献点。每天完成五次普通捐献可获得1000点贡献，足够支撑前期技能升级需求。
组织技能共有九种类型，包括生命源泉、体术锻炼、忍术学习等。如果对自己的阵容不太熟悉，可以先均衡提升各项技能到三级，这样整体属性都能得到增强。后期根据主力忍者的属性特点进行针对性加点，比如主C是忍术型就优先忍术学习，体术型则侧重力量锻炼。记住退出组织后技能效果会保留，但超出组织当前等级的部分无法激活。
控制类和治疗类技能在PVE和PVP中都非常实用。宇智波鼬的月读或千手扉间的木遁控制能扭转战局，而春野樱的治疗术可以大幅提升队伍续航能力。攻击加成类技能如自来也的仙人模式能快速提升输出，适合追求爆发伤害的阵容。特殊效果类技能如佐助的天照或我爱罗的守鹤之术，则能提供持续伤害或团队防御加成。
组织技能上限为组织等级乘以5，所以加入高等级组织能解锁更高技能等级。每天捐献20元宝性价比最高，既能快速积累贡献又不浪费资源。前期不要盲目追求单一属性，保持技能均衡发展更稳妥。随着阵容成型，再根据忍者特性强化核心属性，比如雷主队伍优先提升雷攻加成，水主队伍侧重水遁强化。
中后期重点培养与阵容契合度高的技能。风主分身流可强化体术和连击效果，火主暴击流则需要忍术和暴击加成。通灵兽出战能额外提升战力，搭配组织技能效果更佳。记得定期检查技能是否与当前阵容匹配，及时调整加点方向。组织副本和活动是获取组织精华的主要途径，多参与能加速技能成长。
