特殊精灵的分布位置与原版相比有所调整，但仍遵循一定的区域规律。这些精灵通常出现在特定地形或特殊场景中，需要玩家仔细探索才能发现。双子岛深处藏着急冻鸟，玩家需将岩石推入洞中抵挡水流才能到达最深处。无人发电站的深处可以找到闪电鸟，而火焰鸟则栖息在火焰山的山顶区域。超梦位于家族洞穴最深处，需要完成特定剧情才能解锁该区域。
红莲岛边缘的特殊房屋内隐藏着梦幻，需要获得密匙才能进入对应楼层。路基亚出现在第三个岛屿右侧的草丛中，捕捉土龙时有一定概率遇到。凤凰位于一号岛山顶下方的草丛，雪拉比则在三号岛左侧的森林区域。雷兽岩神柱隐藏在一号岛附近的草丛中，双子岛上可以找到土雷兽冰神柱，而雷兽钢神柱出现在发电站周边区域。七号岛最下方的海域是木皮怪红水督的栖息地，需要使用冲浪技能才能到达。
部分特殊精灵的捕捉需要特定道具或技能支持。家庭洞穴的超梦需要先完成主线剧情并获得通关道具才能进入。冰冻鸟所区域需要使用冲浪和碎岩技能开路，部分岩石障碍需要利用怪力技能清除。三圣兽中的炎帝、水君和雷公分布在随机草丛中，出现概率较低需要耐心寻找。部分幻兽如雪拉比和梦幻的触发条件较为复杂，可能需要完成支线任务或与NPC互动后才能解锁捕捉权限。
游戏中的神柱系列精灵分布具有明显的地域特征。岩神柱偏好岩石地形，冰神柱集中在寒冷区域，钢神柱则靠近工业设施。这种分布规律与精灵属性高度相关，玩家可根据属性克制关系提前准备相应阵容。部分特殊精灵的等级较高，建议在挑战前提升队伍实力。使用喷雾剂可以避免遭遇普通野生精灵，提高目标精灵的出现概率。特殊精灵的个体值和性格随机生成，可能需要多次尝试才能获得理想属性。
游戏后期解锁的岛屿区域包含多个稀有精灵栖息地。光辉之路在获得三岛通行证后开放，不仅是练级宝地也隐藏着特殊精灵。月见山深处的皮皮需要穿过复杂洞穴才能遇到，而超梦洞穴的水域中栖息着高等级哥达鸭。冠军之路作为通关前最后区域，聚集了包括隆隆岩、三地鼠在内的多种最终进化型精灵。部分特殊精灵如化石翼龙和菊石兽需要通过复活化石获得，这些化石分散在不同洞穴的隐藏位置。
特殊精灵的捕捉策略需要考虑多种因素。高等级精灵建议使用催眠或麻痹状态降低其行动能力，珍贵精灵可先用刀背打击将其血量控制在捕捉阈值。大师球建议保留给难以捕捉的传说精灵，普通特殊精灵使用高级球配合状态异常即可有效捕获。部分精灵如鬼斯通和素利柏在特定时间段出现概率更高，调整游戏时间可能提升遭遇几率。完成图鉴收集后找博士升级图鉴功能，可以显示未捕获精灵的大致区域范围。
